Seit dem 09.12.2007 heißt der Betreiber der RE16 von Siegen nach Essen und RB91 von Siegen nach Hagen Abellio Rail NRW GmbH. Dieses Unternehmen gehört zur Niederländischen Staatsbahn NS. Abellio betreibt 8 zweiteilige (ET 22 01 bis 08) und 9 dreiteilige (ET 23 01 bis 09) FLIRT-Elektrotriebwagen von Stadler in Berlin-Pankow, die allesamt ausgeliehen sind.

Die Ruhr-Sieg-Bahn ist zu einer Art Strassenbahnstrecke mit entsprechender Bedienung durch Triebwagen verkommen. Bahnhöfe sind zu Haltepunkten ohne Nebengleise reduziert worden. Dadurch ist Güterverkehr nur noch eingeschränkt möglich.

Der Verkehrsvertrag mit Abellio wurde ab 2019 um 15 Jahre verlängert. Wie sich das mit den Plänen der DB verträgt, ab 2019 einen IC-Betrieb mit RB-Qualität auf der Strecke zu realisieren, wird abzuwarten sein.

Nach Insolvenz des Bahnbetreibers Abellio werden die Zugleistungen in NRW per Notvergabe an Konkurrenten gehen. So wird ab Februar 2022 DB-Regio u.a. die RB 91 und RE 16 von Siegen Richtung Hagen übernehmen. Der Regionalexpress wechselt sich dabei stündlich mit dem neuen "InterCity" Frankfurt-Siegen-Dortmund bzw Münster ab. Damit war der Personenverkehr auf der Ruhr-Sieg-Strecke wieder komplett in DB-Hand. 

Das Unternehmen VIAS-Rail hat im Dezember 2023 u.a. den Betrieb des RB 91 von der DB übernommen. Zum Einsatz kommen die ex-Abellio Flirt-Triebwagen. Die DB betreibt weiter den RE 34 von Dortmund nach Siegen und den IC, dessen Frequenz allerdings reduziert wird.